Školy zapojené v programe Zelená škola si na základe svojich potrieb a výsledkov environmentálneho auditu vyberajú prioritnú tému, ktorej sa budú do hĺbky venovať celé aktuálne certifikačné obdobie (odporúča sa dva roky). Ciele, aktivity a vzdelávanie naplánované v Environmentálnom akčnom pláne sa budú týkať najmä vybranej prioritnej témy.
Je možné si k prioritnej téme pribrať aj vedľajšiu tému či realizovať čiastkové aktivity z iných tém, no škola by si mala predtým zvážiť svoje personálne, časové a finančné možnosti. Je lepšie venovať sa iba jednej téme, no kvalitne a do hĺbky, ako sa snažiť “robiť všetko” a byť potom demotivovaný.
Školy, ktoré sa opakovane zapájajú do programu, si s každým novým certifikačným obdobím vyberú novú prioritnú tému. Realizácia programu Zelená škola na konkrétnej škole je tak v každom certifikačnom období zameraná iným smerom, práce na programe sa neopakujú a činnosť tak získava na rozmanitosti a pestrosti.
Budeme si vyberať z nasledujúcich tém: